Maakonnas on  2 haiglat – Raplas ja Märjamaa.
SA Raplamaa Haigla on üldhaigla, mis pakub patsientidele ambulatoorset ja statsionaarset abi. Lisaks on haiglal erakorralise meditsiini osakond, mis teenindab nii ise tulnud kui kiirabi poolt toodud patsiente, samuti pakub haigla statsionaarse õendusabi teenust (hooldusravi).
Patsientide tervisemuredele püüab haiglas lahendusi leida ligi 40 arsti 15 arstlikul erialal ning neile on selles toeks üle 100 meditsiiniõe ja hooldusõe.

Maakonna teine haigla on Märjamaa Haigla AS. Märjamaal osutatakse statsionaarset hooldusravi ja ambulatoorset taastusravi ning rehabilitatsiooniteenust.

Rapla maakonnas on 20 perearsti. Nimistute suurus ulatub 600 kuni 3400 inimeseni. Suuremate nimistutega perearstidel on abiarstid. Maakonnas töötab 20 hambaarsti.
Eraõiguslikul alusel töötavad maakonnas silmaarst (OÜ Cilia) ja günekoloog (OÜ Praxsis).